La CNE ha establecido las normas de organización y funcionamiento del mecanismo de certificación de biocarburantes y otros combustibles renovables vendidos o consumidos con fines de transporte. El BOE ha publicado la circular 1/2013 de la Comisión Nacional de Energía para la regulación de la gestión del mecanismo de fomento del uso de biocarburantes y otros combustibles renovables con fines de transporte.
Esta circular establece las normas de organización y funcionamiento del mecanismo de certificación de biocarburantes y otros combustibles renovables vendidos o consumidos con fines de transporte. Asimismo, concreta determinados aspectos de carácter operativo del sistema nacional de verificación de la sostenibilidad de los biocarburantes.
También, se establecen los procedimientos, normas y reglas para la solicitud de la constitución de Cuentas de Certificación, para la solicitud de expedición de Certificados de biocarburantes y para las transferencias y traspasos de Certificados y se definen los procedimientos de gestión del Sistema de Anotaciones en Cuenta por parte de la Comisión Nacional de Energía.